L'accès au diagnostic, au traitement et à la prise en  charge des personnes souffrant d'une maladie rare est devenu une  priorité nationale depuis que le Ministère a mis en place en 2004 le  Plan National Maladies Rares 2004-2008. 131 centres de référence, regroupant des équipes hospitalo-universitaires hautement spécialisées, sont labellisés à ce jour et financés à hauteur de 40 millions € dans le cadre des missions d’intérêt général (MIG).
Un centre de référence maladies rares assure à la fois un rôle :
-  d’expertise pour une maladie ou un groupe de maladies rares ayant  développé des compétences spécifiques et reconnues dans ce domaine ; 
-  de recours qui lui permet, du fait de la rareté de la pathologie prise  en charge et du faible nombre des équipes spécialistes dans le domaine,  d’exercer une attraction (interrégionale, nationale ou internationale)  au-delà du bassin de santé de son site d’implantation.
Les  maladies rares,  qui regroupent 7 000 pathologies différentes,  concernent 3 millions de  personnes en France et près de 25 millions en  Europe. Ce sont des  maladies graves, chroniques et invalidantes  nécessitant des soins  spécialisés, lourds et prolongés.
                          
«Les  Centres de Références sont des  ensembles de compétences  pluridisciplinaires hospitalières et hautement  spécialisées et qui ont  un rôle d'expertise des maladies rares et qui  assurent un rôle de  recours pour les médecins, les malades et leurs  familles», explique  Didier Delmotte, Directeur Général du CHRU de Lille.
Ces  Centres de Référence sont également chargés de  définir et de diffuser  auprès des autres structures des référentiels  afin d'assurer l'équité  de la prise en charge sur le territoire  national.
Les centres de référence ont 6 missions :
- faciliter le diagnostic et définir une stratégie de prise en charge thérapeutique, psychologique et d’accompagnement social ; 
- définir et diffuser des protocoles de prise en charge, en lien avec la haute autorité de santé (HAS) et l’union nationale des caisses d’assurance maladie (UNCAM) ; 
- coordonner les travaux de recherche et participer à la surveillance épidémiologique, en lien avec l’institut national de veille sanitaire (InVS) ; 
- participer à des actions de formation et d’information pour les professionnels de santé, les malades et leurs familles, en lien avec l’institut national de prévention et d’éducation pour la santé (INPES) ; 
- animer et coordonner les réseaux de correspondants sanitaires et médico-sociaux ; 
- être des interlocuteurs privilégiés pour les tutelles et les associations de malades.
La désignation des centres de référence pour la prise en charge des maladies rares est réalisée dans le cadre d’une procédure de labellisation nationale. Elle repose sur une expertise indépendante et s’appuie sur un cahier des charges précis. Le label est attribué par le ministre chargé de la santé, pour une durée de 5 ans.